故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。
根据日本漫画家高嶋博美创作的百合漫画《牵牛花与加濑同学》改编的剧场版动画。主角山田结衣是位个性内向、喜欢植物的高中2年级学生，班上的园艺股长；在她隔壁班的加濑同学是田径队的王牌及校内风云人物。某一天，山田与加濑她们两人因山田种的牵牛花而相识，并成为好朋友。
