摩尔庄园的天空树屋里，小鼹鼠摩乐乐（杨鸥 配音）和养父菩提大伯（夏磊 配音）过着平静的生活。由于一次误会，摩乐乐错失了出国旅行的好机会，负气伤心的乐乐，突然收到一张看似意外的火车票。接着，他召唤来了一辆从天而降的列车。这趟神秘的列车只有一个条件：永不归家。摩乐乐和小伙伴们乘坐列车，开始了探险之旅−−上天入地，还遭遇凶悍空匪的半路拦截。沿途所见所闻让孩子们惊叹不已：麦田怪圈的问号；沙漠小镇的奇遇；虫洞飞跃的惊奇……这趟列车究竟有着怎样的故事呢？而列车最终的目的地又在哪里？
知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。 令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。
