世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。 另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、 并尝试施行干涉现实世界的最终计划。 为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。 「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」 绝望的迪路兽向大家说到。 孩子们做出最后决定的时候到了。 被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？ 现在，冒险将再一次进化。
19世纪，大不列颠帝国雄霸海上，维多利亚女王骄扬跋扈（伊梅尔达·斯汤顿 Imelda Staunton 配音），但是横行四海的海盗仍令她愤恨不已。这群不法之徒中，海盗船长（休·格兰特 Hugh Grant 配音）则显得有些寒酸，他手下跟着一帮老弱病残，每次打劫虽然斗志昂扬，却总是了无所得。这一天，他在血色之岛上受到了业内高手黑鬼贝拉（杰里米·皮文 Jeremy Piven 配音）和弯刀莉兹（萨尔玛·海耶克 Salma Hayek 配音）等人的嘲笑。为了证明实力，赢得年度海盗大奖，船长开始四处劫掠，结果意外结识了生物学家达尔文（大卫·田纳特 David Tennant 配音）。达尔文发现，船长的宠物竟然是早已灭绝的渡渡鸟。于是他花言巧语劝诱船长去伦敦参加年度科学家大赛，而船长也离他的海盗之路越来越远……本片为英国阿德曼公司首部3D粘土停格动画。
