16 歲的男孩小樹，蹺家、逃學、在街頭被霸凌，因為無法面對自己的困境，認為自己是個垃圾，於是逃到廢棄城，歡喜地讓自己變成垃圾，安逸地躲在廢棄城。小樹唯一的朋友阿袋，是個 30 歲的破爛塑膠袋，卻從來不承認自己是垃圾，認為自己是個男孩，想盡辦法要逃出廢棄城，立志率領眾廢棄物逃離，尋找族人傳說的回收場，開始自己想像的人生。要逃出去，阿袋必須對抗鐵甲垃圾車，所以阿袋需要小樹的幫助，然而留戀廢棄城的小樹，想把朋友留在身邊、留在廢棄城，於是表面上答應幫阿袋，私下卻通風報信，企圖暗地破壞阿袋的逃離計畫，不料，小樹的背叛，導致阿袋逃亡時被捕，面臨唯一死刑要送進焚化爐，朋友不但留不住反而要永久分離，小樹驚覺闖了大禍，在強烈的罪惡感煎熬下，小樹必須冒死救出阿袋，展開二度逃亡。小樹力抗鐵甲垃圾車，隻身救出阿袋，終於逃離廢棄城，逃到了臺北市，並且護送阿袋到達族人傳說中的回收場，離別的時刻真正來臨，小樹看著阿袋與眾廢棄物走進回收場，找到再生的機會，踏上人生新的旅程，小樹也開始捫心自問自己的回收場在哪裡？自己再生的機會在哪裡？小樹期待未來如果重逢，他們都已經擁有嶄新的人生…
就读国中的女孩有栖川彻子（苍井优 配音），因父母离婚而转学来到了石之森学园。令她有些气闷的是，同学们皆以诡异的目光看她，甚至对她敬而远之。从同班同学睦美口中得知，彻子现在所坐的桌子，其前主人曾经陷入一起被称为“犹大及其四位妻子的杀人事件”。而那张桌子后面还有一张桌子，其主人荒井花（铃木杏 配音）长期旷课，花也恰恰是彻子现在的邻居。为了弄清杀人事件的真相，给自己起名“爱丽丝”的彻子壮着胆子进入花的家，进而得知了关于“犹大”的种种往事。 以此为契机，这两个性格有些古怪却灵巧可爱的女孩开始了她们伟大的友谊…
2006年の発売から根強い人気を誇るPlayStation2用ゲーム「ペルソナ3」をアニメーション映画化した「PERSONA3 THE MOVIE」の第3章。季節は秋になり、結城理をはじめとしたペルソナ使いたちによる特別課外活動部と異形の怪物「シャドウ」との戦いにも、終わりが近づいていた。しかし、「影時間」を終わらせるためシャドウとの死闘を繰り広げる理の前に、謎の転校生・望月綾時が現れる。第3章監督は「銀河機攻隊マジェスティックプリンス」「デート・ア・ライブ」などを手がけてきた元永慶太郎。
