正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
故事发生在古代的南美洲一个帝国。这个帝国年轻的国王Kuzco虚荣心极重，为了大肆庆祝自己十八岁的生日，他决定在帝国首都附近的一座山上建立一座宫殿。山上世代在此生活的居民一时陷入了困境，村民Pacha来到皇宫请求Kuzco考虑下当地居民的处境，收回成命，但遭到Kuzco一口回绝。 于此同时，邪恶女祭司Yzma准备投毒杀害Kuzco夺取王位，但她的跟班Kronk搞错了毒药，误将变身药给了Kuzco吃。于是，Kuzco变成了一头骡马，并阴差阳的错上了Pacha的车去了山上的村庄。Yzma得知后，对Kuzco展开了一系列追杀，而Kuzco也在Pacha等人的帮助下展开了反击！
