半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运…
广袤的美国西部地区，野马史比瑞特和他的族群过着平静的生活。然而，当史比瑞特第一次见到人类时，他就被抓去训练成战马。幸好善良的印第安小男孩小溪将史比瑞特从训练营里救了出来，并带他回到了自己部落。在小溪的部落，史比瑞特遇上了斑纹木马小雨。这一次，史比瑞特对回家乡还是留下来感到难以抉择，因为他深深爱上了小雨。小溪察觉出了两匹马的爱情，他决定让他们一起回史比瑞特的家乡。当史比瑞特刚刚依依不舍的和小溪告别后，小溪的部落就遭到了骑兵的袭击。史比瑞特和小雨马上回去救小溪，慌乱之下，小雨替小溪挡了一枪，而史比瑞特也重新被抓……
