讲述小新等人组成的春日部防卫队受风间之邀，前往一所高档的私立学校体验生活，但风间却在体验入学后不久因奇妙的原因变成了一个“笨蛋”。春日部防卫队将和这所学校的学生会会长一起，克服一道道难题
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运…
