讲述小新等人组成的春日部防卫队受风间之邀,前往一所高档的私立学校体验生活,但风间却在体验入学后不久因奇妙的原因变成了一个“笨蛋”。春日部防卫队将和这所学校的学生会会长一起,克服一道道难题
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅,一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观,发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士,50名游戏体验者也多是他们的后代,新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写,也来到现场。这边热热闹闹,游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中,他利用优作的关系加入了体验者队伍,小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”,游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制,“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景,体验者可选择其中之一进入,被淘汰会进入休眠状态,若最后无人走到终点,他们的大脑组织皆会被摧毁,此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街,那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪,他身上正有柯南要找的答案!而优作也在现实中正对案件展开调查。
某晚景太正睡觉时,手上的妖怪手錶突然发出刺眼光芒,接着消失不见了!翌日超巨大猫型妖怪「巨大喵」出现,声称世界即将落入魔爪之中并向景太救助。为了找寻线索,景太与威斯帕及地缚喵前往嫲嫲位于毛马本村的家,遇上了神秘的「浮游喵」!他们跟着「浮游喵」一起进行时光旅行,回到了六十年前的世界进行大冒险。在那裡等待着他们的强大敌人究竟是谁?他们又能否顺利找回妖怪手錶?