21世纪第一个十年，人类世界依然未能得到与所谓的高度发达文明相匹配的和平与安宁，超能力罪犯不断越狱，制造祸端；国际上比亚利亚和珀戈利斯坦两国剑拔弩张，人民遭难。超人（乔治·纽伯恩 George Newbern 配音）虽然不断与各种强大邪恶的对手作战，但他坚决不杀人的原则令其饱受质疑与指摘。在偶然的机会，他发现了几个年轻人组成的超能战士组合——极英盟。极英盟实力强大，个性鲜明，很快便成为新一代为民众所追捧的正义英雄。谁之不久之后，超人与极英盟成为了势不两立的对手……本片根据Joe Kelly于2001出版的漫画《为什么美国式的正义和真理如此可笑（What's So Funny About Truth, Justice and the American Way?）》
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
