梁坤和青梅竹马的爱人、兄弟自小被当地恶霸胡大海欺压，为保护爱人和兄弟，梁坤毅然奔赴少林苦学武功，学成下山后，胡大海对其和好友更加变本加厉，犯下不可饶恕的罪行。面对至亲被虐杀，梁坤陷入暴走边缘，苦练武功...
白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。
北宋晚期，朝廷内忧外困，武林动荡，夜叉门趁机作乱。京都聚义钱庄遭人洗劫，掌柜钱无用在密室中被杀人焚尸，凶手疑于少林有关。少林顽逆弟子李少白奉命助官府办案，却与开封总捕狄八方不和，冲突不断。另一方面又有人接连遇害。李少白察觉凶手的本意并非谋财，而真凶仍在钱庄之中。
