藤原拓海（宫野真守 配音）是一名平凡的十八岁高中男生，父亲藤原文太（平田广明 配音）经营着一间豆腐店。从13岁起，每天凌晨，文太都要求拓海开着车上山给山上的店家送豆腐，实际上，文太曾是一名赛车手，利用运送易碎的豆腐，文太希望能够在潜移默化之中训练拓海的车技。 虽然拓海对赛车这项竞技并没有过多的了解，但实际上，他早已经拥有了优秀的控制和平衡能力。一次偶然中，拓海在众人面前展现了高超的车技，技惊四座，随后开始涉足赛车界，并不打不相识的结识了高桥凉介（小野大辅 配音）和高桥启介（中村悠一 配音）兄弟两，三人组成了名为Project D的车队。
故事以池袋为舞台，讲述了澪虽然很在意青梅竹马的新，但却无法将自己的心情传达给他。某天和新吵架的澪为了和好在去他身边的途中遭遇了交通事故。当澪恢复意识的时候，那是一个从未见过的不可思议的世界…
正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
