本片讲述的是蝙蝠侠(罗杰·克雷格·史密斯 配音)以及罗宾联合正义联盟成员闪电侠以及绿箭侠一起对抗被称为Animilitia的犯罪组织。该犯罪组织都是由一些动物性的成员组成,包括银背大猩猩、猎豹女、杀手鳄鱼等,他们在高谭市作恶多端,一般警察对他们束手无策。而且该组织背后的主谋却指向蝙蝠侠的宿敌,同时也是高谭市叱吒风云的黑道大亨企鹅人(Dana Snyder 配音)。除了Animilitia组织,蝙蝠侠他们这次还要面对奥斯瓦德公司的商人新发明的邪恶网络动物机器人,一群犯罪恶势力再次聚集在高谭市。
故事讲述的是一群疯狂的科学家,为了自己的梦想,研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器,并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后,却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前,用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事,但没过多少时间,超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿,决定开始它的复仇之战。