本作讲述了池田屋事件后铁之助在新撰组的生活以及在平静生活假象之下暗暗涌动的时代浪潮。日本将迎来一次惊天动地的变革，时代将掀起巨大的浪潮，所有人包括故事的主角们将无一例外地被时代的洪流所淹没……幕末，新撰组即将颠覆，明治维新的曙光开始闪现，是去是留，是生是死，每个人都到了选择的时刻。
为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……
就读国中的女孩有栖川彻子（苍井优 配音），因父母离婚而转学来到了石之森学园。令她有些气闷的是，同学们皆以诡异的目光看她，甚至对她敬而远之。从同班同学睦美口中得知，彻子现在所坐的桌子，其前主人曾经陷入一起被称为“犹大及其四位妻子的杀人事件”。而那张桌子后面还有一张桌子，其主人荒井花（铃木杏 配音）长期旷课，花也恰恰是彻子现在的邻居。为了弄清杀人事件的真相，给自己起名“爱丽丝”的彻子壮着胆子进入花的家，进而得知了关于“犹大”的种种往事。 以此为契机，这两个性格有些古怪却灵巧可爱的女孩开始了她们伟大的友谊…
当宇宙中飞得最高的狗进入外太空时，Skyfetcher 和 Spaceslobber 接到了来自犬类总部的电话！ 似乎有一股未知的力量正在攻击毫无防备的星球，而这取决于他们来根除麻烦的根源！
西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。 与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择…
