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某一天，宇宙人西里里来到小新家中，并使用特使光线把变爸爸野原广志
　　和妈妈野原美伢回了小孩子模样，如果想恢复现状，必须帮助西里里找回自己的父亲，就这样大家踏上了寻找之旅……

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。

故事发生在第二次世界大战中，由于无线电通信已经不安全，所以英国军方开始训练军鸽，利用他们来和法国地下抵抗组织和盟军进行通讯。野鸽子“勇士”看到这么多同类为国出力，也跃跃欲试。于是，“勇士”想尽办法混到了军鸽中，未经过训练的“勇士”和其他军鸽相比显得有些力不从心。但事有凑巧，“勇士”接到二战中最严峻的任务，把诺曼底登陆的情报送到盟军手中。面对敌军凶狠的军用猎隼，“勇士”能否顺利完成任务？

科学家本（Zach Galifianakis 饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔 Sam Rockwell 配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（Bill Nighy 饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根 Tracy Morgan 配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹 Penélope Cruz 配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 配音）等成员迅速展开行动。 这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……

　　Trouble是一只被宠坏了的狗狗，平时生活在一个大豪宅中，这一切都是其他狗狗做梦都难以得到的，直到富有的女主人去世后，Trouble阴错阳差离开豪宅变成了一只流浪狗，面对险恶的世界，他不仅需要寻找一个新家，还要设法摆脱已故主人贪婪的亲戚的绑架和阴谋。