麦克（Carme Calvell 配音）是一个可爱而又机灵的十二岁男孩，他的父亲斯科特（Toni Mora 配音）和祖父弗兰克（Camillo García 配音）都是宇航员，但是他们的光辉成绩早已经泯灭在漫长的时间洪流里，成为了被人们遗忘的幕后英雄。 一个邪恶而又贪婪的亿万富翁将他的目标对准了月球上所蕴藏了丰富的矿产资源，他想要通过登月来得到它们并且将美国曾经登上月球的证据销毁。麦克在无意之中得知了富商的计划，他和弗兰克一起，带着好伙伴艾米（米歇尔·珍娜 Michelle Jenner 配音）和马蒂（Javier Balas 配音），一行人追随着富商的脚步，凭借他们微薄的力量，他们能否组织这可怕的事情发生呢？
半空之中，漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”，那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔（种田梨沙 配音）与多萝茜（佐仓绫音 配音）穿梭于“知识之箱”之中，与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界，必须尽快予以消除。某天，两人感觉到新病毒的出现，她们赶了过去，结果发现遭到病毒袭击的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了记忆，只知晓性命，她说出的第一句话关系着所有人的命运…
在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。 Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......
